自从现代医学从西方传入中国之后，两种医学体系的比较就一直在进行。反对中医的人曾使用“新医”、“旧医”来称呼它们；支持中医的人曾使用“西医”、“国医”这样的名称。当代比较中立的称呼是“现代医学”和“传统医学”。
医学理论体系
世界上的医疗体系大致上可分成：
“拟人论医学体系”(神学)：认为疾病的发生是由于超自然物（神灵）力量所造成的，如撒旦、鬼、神祇等，巫医、乩童、符咒等即属于此类。
“自然论医学体系”(经验医学)：认为疾病的发生是由于自然环境的变化或人的生活方式不正常所造成的，如气候的变化、饮食习惯、人情绪变化等。中医学、阿育吠陀、顺势疗法等即属于此类。
“科学论医学体系”(实验设计)：经由设立假说、实验设计，并利用演绎、归纳等方法呈现结果，或借由科学仪器侦测所产生的医学，是近现代医学的主流，例如西医。
其中前面两者被归类为传统医学或替代医学，而后者则属于现代医学的主流。
自从西洋医学（又称为对抗医学）随着传教士由欧洲传入中国之后，两种医学体中医学系的竞争与融合就一直在进行。近现代西方医学是西方传统医学向近现代生物科学的生物医学模式转换，面临社会-心理-生物综合医学模式的形成，1992年4月在广州中医药大学召开了“首届全国中西医学比较研究学术研讨会”，大会上曾邦哲（曾杰）提出了中西医学汇通走向系统医学与系统药物学（systems medicine and pharmacy）的道路，同时将中医药经典作为传统医药加以保存，一方面提供了中西医学汇通的医学现代化资源，另一方面使传统医药发挥其特有的不可替代的用途，也就是说传统的中医药以地道的传统医学存在，现代的中西结合医学则必须彻底走向现代化
